Klub KS Gniezno powstał w roku 1998 i rozpoczął rozgrywki i głównie występował w GTPNP pod nazwą Lech-Pol Gniezno. W tym okresie najbardziej znanymi zawodnikami z boisk trawiastych, którzy występowali w barwach Lech Polu byli Przemysław Urbaniak (Lech Poznań, Widzew Łódź), Waldemar Przysiuda (Lech Poznań), Paweł Iwanicki (Warta Poznań), Szymon Pawłowski (Zagłębie Lubin). Grę tak znanych zawodników umożliwiła współpraca pomiędzy z miejscową drużyną piłkarską KS Mieszko Gniezno.

Po sezonie 2006/2007, w którym klub zdobył znaczące sukcesy w rozgrywkach środowiskowych, ze zdobyciem tytułu Vice Mistrza Wielkopolski włącznie, podjęto decyzję o zgłoszeniu Naszego klubu do rozgrywek ogólnopolskich. Zespół od tego momentu występował pod nazwą KS Gniezno. Pierwszy sezon w rozgrywkach ogólnopolskich okazał się niezwykle udany ponieważ jako beniaminek III ligi zawodnicy z Pierwszej Stolicy Polski uzyskali awans do wyższej klasy rozgrywek. W wyniki reorganizacji rozgrywek nasz zespół od sezonu 2008/2009 występował na parkietach 1 Polskiej Ligi Futsalu organizowanej przez Polski Związek Piłki Nożnej.
We wrześniu 2015 roku w momencie fuzji 3 klubów piłkarskich, sekcja futsalu została wciągnięta w szeregi Mieszka Gniezna.

Od sezonu 2018/19 wracamy do korzeni i będziemy występować pod szyldem KS GNIEZNO.